Горная часть Карачаево-Черкесии в конце первого тысячелетия нашей эры входила в государство аланов, сохранились отдельные архитектурные памятники той поры: Зеленчукские, Сентинский, Шоанинский христианские храмы, городища. C первой половины XIX века (по русско-турецкому Адрианопольскому миру 1828 года) территория современной Карачаево-Черкесии входит в состав России как Баталпашинский отдел Кубанской области.
С 1918 года здесь устанавливается советская власть. С 1 апреля 1918 года территория была частью Кубанской Советской Республики, с 28 мая 1918 года — частью Кубано-Черноморской Советской Республики, с 5 июля по декабрь 1918 года — частью Северо-Кавказской Советской Республики. С декабря 1918 по апрель 1920 контролировалась белогвардейскими ВСЮР. С 20 января 1921 года — часть Горской Автономной Советской Социалистической Республики.
12 января 1922 года образована Карачаево-Черкесская автономная область в составе Юго-Восточной области (с 1924 года — Северо-Кавказского края) с центром в станице Баталпашинской (переименованной затем в город Сулимов, Ежово-Черкесск и, наконец, получившей современное название Черкесск).
26 апреля 1926 года постановлением ВЦИК КЧАО разделена на Карачаевскую автономную область, Черкесский национальный округ (с 30 апреля 1928 — автономная область), Баталпашинский и Зеленчукский районы.
Указом Президиума Верховного Совета СССР Карачаевская автономная область ликвидирована 12 октября 1943 года, а карачаевцы были признаны пособниками фашистских войск и 2 ноября 1943 года депортированы в Среднюю Азию и Казахстан. Южная часть Карачая отошла к Грузии (как Клухорский район), а бо́льшая часть была присоединена к Ставропольскому краю.
После реабилитации карачаевцев с разрешением на их возвращение в родные края 12 января 1957 года Черкесская автономная область была преобразована в Карачаево-Черкесскую АО в составе Ставропольского края. Ей были также переданы Зеленчукский, Карачаевский и Усть-Джегутинский районы Ставропольского края[7].
12 января 1965 года Президиум Верховного Совета РСФСР постановил[8]:
образовать Урупский район — центр станица Преградная;
упразднить Урупский промышленный район Карачаево-Черкесской автономной области;
Адыге-Хабльский, Зеленчукский, Карачаевский, Малокарачаевский, Прикубанский и Хабезский сельские районы Карачаево-Черкесской автономной области преобразовать в районы.
30 ноября 1990 года Совет народных депутатов Карачаево-Черкесской автономной области принял решение о выходе из состава Ставропольского края и преобразовании в Карачаево-Черкесскую Советскую Социалистическую Республику (КЧССР) в составе РСФСР, что было утверждено Верховным Советом РСФСР в законе РСФСР от 3 июля 1991 года № 1537-1[9]. Однако, согласно ст. 104 Конституции РСФСР вопросы национально-государственного устройства Российской Федерации находились в исключительном ведении Съезда народных депутатов РСФСР[10].
В 1989—1991 созванные национальными движениями съезды отдельных народов Карачаево-Черкесии стали обращаться к руководству РСФСР с просьбой о восстановлении или создании отдельных автономий.
На съездах депутатов всех уровней были провозглашены:
18 ноября 1990 года — Карачаевская Советская Социалистическая Республика (с 17 октября 1991 года — Карачаевская Республика);
19 августа 1991 года — Баталпашинская Казачья Республика и Зеленчукско-Урупская Казачья Советская Социалистическая Республика (30 ноября 1991 объединившиеся в Верхне-Кубанскую Казачью Республику);
27 октября 1991 года — Республика Черкесия;
в ноябре 1991 года — Абазинская Республика.
После многодневных многотысячных митингов 3 декабря 1991 года постановлением Верховного Совета Карачаево-Черкесии было принято обращение к федеральному центру о признании отдельных республик.
В январе 1992 года Президент России Борис Ельцин был готов признать разделение Карачаево-Черкесии и внёс на рассмотрение в Верховный Совет России проекты законов «О восстановлении Карачаевской автономной области и Черкесской автономной области в составе Российской Федерации». Была создана комиссия Верховного Совета по образованию трёх автономных областей — Карачаевской, Черкесской, Баталпашинской.
28 марта 1992 года состоялся референдум, на котором, согласно официальным результатам, большинство населения Карачаево-Черкесии высказалось против разделения. Разделение узаконено не было, и осталась единая Карачаево-Черкесия.
21 апреля 1992 года Съезд народных депутатов внес поправку в Конституцию РСФСР, которая преобразовала Карачаево-Черкесскую автономную область в Карачаево-Черкесскую республику[11]. Данная поправка вступила в силу с момента опубликования в Российской газете 16 мая 1992 года[12].
25 декабря 1993 года вступившая в силу Конституция Российской Федерации подтвердила республиканский статус Карачаево-Черкесии.