В структуру Санкт-Петербургской клинической больницы РАН входят стационар и поликлиника.
Отделения стационара: терапевтическое, неврологическое, хирургическое, кардиологическое, физиотерапевтическое, Центр реконструктивной и пластической гинекологии, отделения рентгенэндоваскулярной хирургии, восстановительного лечения, анестезиологии и реанимации, отделение реабилитации и паллиативного лечение онкологических больных.