История храма началась с того, что купчиха А. И. Бильдеева приобрела в Санкт-Петербурге участок земли на Песках для устройства здесь подворья Шестоковского (Шелтомежского) Вознесенского женского монастыря Тверской епархии, в котором в 1895 года была сооружена деревянная Александровская церковь по случаю спасения Александра III в Борках.
28 декабря 1896 года Иоанн Кронштадтский освятил закладной камень. Строительство шло с 1897 по 1900 год по проекту епархиального архитектора Николая Никонова.
17 августа 1932 года храм закрыли, здания были переданы районному штабу ПВО. Его архитектурный облик заметно изменился: барабанные основания вместе с куполами были снесены.
После Великой Отечественной войны помещения были переоборудованы, внутри сделаны межэтажные перекрытия, в здании разместился филиал института «Спецпроектреставрация».
В декабре 1992 года святыня была возвращена Церкви. 5 марта 1993 года храм передан грузинской общине. В ноябре 1993 года в нижнем помещении было совершено первое богослужение.